Der am 30. April 1947 in der Nähe von Erfurt geborene Werner Ruhnke wuchs im Rheinland auf. Nach einer kaufmännischen Ausbildung studierte er Betriebswirtschaft. Anfang der 1970er Jahre in die Gewerkschaft eingetreten, arbeitete er vor der Wende in der ÖTV-Bezirksverwaltung Berlin als Gewerkschaftssekretär für die Bereiche Presse und Öffentlichkeitsarbeit, Automation und Vertrauensleute. Während der Wende war er Leiter der Ostberliner ÖTV-Informationsstelle.
Von 1991 bis 2001 war Ruhnke Vorsitzender der ÖTV-Brandenburg, nach der Bildung von ver.di bis 2007 Leiter des Landesbüros Brandenburg. 2004 wurde er als Galerist in Potsdam tätig. Werner Ruhnke ist außerdem als Mitglied der Gemeindevertretung Seddiner See kommunalpolitisch für die SPD aktiv.